Das ist keine Einstellung des FTP-Clients, sondern eine Sache des Servers. Vermutlich sind einfach die Berechtigungen der Datei nicht richtig gesetzt. Abhilfe schafft der Befehl chmod.

Natürlich kann es auch sein, dass der Server das Überschreiben von Dateien grundsätzlich nicht gestattet. Dann bleibt nichts anderes Übrig als die Datei auf dem Server vorher zu löschen, oder den Administrator des Servers zu bitten das überschreiben zu erlauben.