Dann speichere doch alle .jpeg Dateien als .jpg Datei ab.

Damit würde ich mich ja mal an Adobe wenden. Zwischen JPEG und JPG sollte es eigentlich keinen Unterschied geben. Die Konsole sagt dazu wahrscheinlich auch nichts spannendes nehm ich an, oder?

JPEG oder JPG sollte gleich sein: de.wikipedia.org/wiki/JPEG
Ich würde auch Adobe kontaktieren, da dies schon ein sehr peinlicher Fehler seitens Adobe ist und diese definitiv einen Patch schon haben oder bald bereitstellen sollten.

Kann das nicht nachvollziehen. Reden wir hier wirklich von Lightroom 5?

Was genau machst Du denn da? Vorgesehen ist doch, dass Du Deine Fotos exportierst. Ein "Speichern unter..." gibt es dort nicht.
LR nutzt dabei das Original an seinem Speicherort und Du bearbeitest virtuelle Kopien davon. Die werden dann exportiert in einen Ordner, den Du vorher festgelegt hast. Das Dateiformat ändert sich dabei nicht. Das kannst Du bei Bedarf mit PS ändern. (sofern vorhanden)
Ich glaube, LR und Adobe sind unschuldig, sorry.

Danke für deine Rückmeldung, Deep